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刨花润楠SSR-PCR体系优化及天然种群遗传多样性研究

作者:朱芹 李培 周鹏 张俊杰 阙青敏 惠文凯 陈晓阳

关键词: 刨花润楠; SSR-PCR; 体系优化; 种群; 遗传多样性;

摘要:[目的]建立刨花润楠SSR-PCR最佳反应体系,从樟科树种SSR引物中筛选多态性高的引物,并对刨花润楠遗传多样性进行分析。[方法]对影响PCR反应体系的5个因素设置7个水平,利用正交设计L16(45)进行优化,确定最佳体系,并用该体系从187对候选引物中进行引物筛选。利用软件POPGENE1.32、PowerMarkerv3.25、FSTAT、GenAlex6.5、Structure2.3和POPTREE分别计算观测等位基因数目(Na)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态性信息量(PIC)、基因流(Nm),进行群体遗传结构分析和UPGMA法聚类分析。[结果]刨花润楠最佳体系(20μL)为:Taq酶1.0 U、dNTPs 0.25 mmol·L-1、Mg2+ 1.25 mmol·L-1、引物0.5μmol·L-1、模板50 ng。最终筛选出12对具有多态性高的SSR引物。Na、Ho、He和PIC的平均值分别为15.083、0.576、0.751和0.722,表明种群具有较丰富的遗传多样性;Nm平均值为1.500,种群间存在频繁的基因交流;UPGMA将24个种源聚为3类,与Structure分析结果一致。[结论]本研究成功优化了刨花润楠SSR-PCR反应体系,并获得12对适用于刨花润楠的SSR引物,刨花润楠种群遗传多样性丰富,种群间存在频繁的基因交流,24个种源可聚为3类。 


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